در تحلیل SEM به صورت کلی دو نوع متغیر داریم. متغیر مشاهده پذیر ( Observed variable ) و متغیر پنهان ( Latent variable ) .منظور از متغیر مشاهده پذیر متغیرهایی هستند که به صورت مستقیم قابل اندازه گیری می باشند. برای مثال قد، وزن، حقوق ، فشار خون، نمره ی امتحان از جمله متغیرهای مشاهده پذیر هستند. متغیرهای پنهان به صورت مستقیم قابل اندازه گیری نیستند (رضایتمندی، وفاداری، اشتیاق و… ) .
بسیاری از متغیرهایی که در علوم انسانی استفاده می شوند از جنس متغیرهای پنهان هستند. اما چطور این متغیرها را به صورت غیر مستقیم اندازه گیری می کنیم؟ برای این کار از چند متغیر مشاهده پذیر استفاده می کنیم. به عنوان مثال چند سوال طراحی می کنیم تا با استفاده از آنها مفهوم مورد مطالعه را از زوایای مختلف لمس کنیم. این سوالات را به عنوان آیتم ها ( Items ) یا نشانگرهای (Indicators) متغیر پنهان نیز می شناسیم. در واقع از آنجایی که هیچکدام از این سوالات کامل و بی عیب نیستند، با استفاده از چندین سوال ضمن کاهش خطای اندازه گیری ( Measurement error )، پایایی(Reliability ) اندازه گیری مان را بالا می بریم.
برای اندازه گیری متغیرهای پنهان چند سوال طراحی می کنیم تا با استفاده از آن سوالات مفهوم مورد مطالعه را از زوایای مختلف لمس کنیم. ای سوالات را نشان گرهای متغیر پنهان می نامیم. نشانگرها از نوع متغیرهای مشاهده پذیر هستند.
