به صورت کلی(معادلات ساختاری) SEM بر دو نوع است SEM بر پایه ی کووایانس   (Covariance )   که آنرا CB-SEM می نامیم و SEM بر پایه ی واریانس ( Variance ) که با نام VB-SEM نیز شناخته  می شود

در حالی که نرم افزارهای Amos  و  LISREL برای اجرای روش CB-SEM به کار می روند، SmartPLS وWarpPLS جهت اجرای رویکرد VB-SEM طراحی و ارائه شده اند.

جدول زیر به طور خلاصه روش های CB-SEM و VB-SEM را مقایسه می کند.